1992 yil 26 yanvarda Yaponiya bilan diplomatik aloqalar o‘rnatildi.

1991 yil Yaponiya O‘zbekiston Respublikasi mustaqilligini tan olib, 1992 yil diplomatiya munosabatlari o‘rnatgach, 1992 yilda Yaponiyaning Toshkentdagi elchixonasi, 1996 yilda esa O‘zbekiston Respublikasining Tokiodagi elchixonasi o‘z faoliyatini boshladi. Ikki mamlakat o‘rtasida teng huquqli aloqalar o‘rnatildi. 1994 yil mayda Toshkentda O‘zbek-yapon iqtisodiy hamkorlik qo‘mitasi, Tokioda esa Yapon-o‘zbek iqtisodiy hamkorlik qo‘mitasi tashkil etildi.

                Yaponiya bilan O‘zbekiston o‘rtasidagi o‘zaro hamkorlik yo‘nalishlaridan biri kadrlar tayyorlashdir. 2001 yil Toshkentda O‘zbekiston – Yaponiya inson resurslarini rivojlantirish markazi tashkil etildi. O‘zbek-yapon ilmiy aloqalari ham kengayib bormoqda. Toshkent, Samarqand, Buxoro, Farg‘ona va boshqa shaharlardagi oliy o‘quv yurtlarining o‘quv dasturiga yapon tilini o‘rganish ham kiritilgan. Ikki mamlakat o‘rtasida madaniy aloqalar ham keng rivojlanmoqda. Xususan, Tokiodagi milliy nafis san’at va musiqa universiteti bilan hamkorlikda Toshkentda Xalqaro madaniyat karvonsaroyining ishga tushirilishi, “Jahon tinchlik qo‘ng‘irog‘i”ning barpo etilishi, Yaponiyadagi bir qancha ijtimoiy tashkilotlar ko‘magida Osaka, Fukusima, Maebasi shaharlarida doimiy faoliyat olib boruvchi O‘zbekiston madaniyat uylarining ochilishi bunga yorqin misoldir. Yaponiya va O‘zbekistonda ko‘plab ko‘rgazma, taqdimot, kinofestival, milliy musiqa va raqs guruhlarining konsertlari, shuningdek, 1996 yildan O‘zbekistonda Yaponiya madaniyati kunlari muntazam o‘tkazib kelinmoqda.